ТЕХНОЛОГИЧЕСКИЕ ПОДХОДЫ К СЕКВЕНИРОВАНИЮ ВИРУСА ГЕПАТИТА ДЕЛЬТА И ИХ ДИАГНОСТИЧЕСКОЕ ЗНАЧЕНИЕ

Евгения Казакова; Наргиз Ибадуллаева

Mualliflar

Евгения Казакова PhD, заведующая отделом секвенирования генома вируса и человека, НИИ Вирусологии РСНПМЦЭМИПЗ, г.Ташкент, Узбекистан ##default.groups.name.author##
Наргиз Ибадуллаева Д.м.н., ученый секретарь, НИИ Вирусологии РСНПМЦЭМИПЗ, г.Ташкент, Узбекистан ##default.groups.name.author##

Kalit so‘zlar:

Вирус гепатита дельта, секвенирование, генотипирование, NGS

Abstrak

В статье представлен обзор современных методов молекулярно-генетического анализа вируса гепатита дельта (HDV) с акцентом на технологии секвенирования. Рассматриваются классическое секвенирование по Сэнгеру и высокопроизводительные методы нового поколения (NGS), включая платформы Illumina и Oxford Nanopore Technologies. Показано, что NGS обеспечивает высокую чувствительность и позволяет выявлять минорные варианты вирусного генома, что имеет важное значение для изучения квазивидной структуры и генетической вариабельности HDV. Представлены результаты анализа международных исследований, демонстрирующих эффективность NGS для генотипирования, филогенетического анализа и молекулярно-эпидемиологического мониторинга. Обсуждаются преимущества и ограничения различных технологий секвенирования, а также перспективы их применения в диагностике и научных исследованиях. Подчёркивается значимость интеграции геномных данных для совершенствования подходов к диагностике и лечению HDV-инфекции.

##plugins.themes.default.displayStats.downloads##

##plugins.themes.default.displayStats.noStats##

Havolalar

1. Sachdeva K., Girish V., John S. (2026). Hepatitis D. StatPearls Publishing, Treasure Island (FL). PMID: 29261923.

2. Goodwin S., McPherson J.D., McCombie W.R. (2016). Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nature Reviews Genetics, 17(6), 333–351. doi: 10.1038/nrg.2016.49.

3. Nguyen H.M., Sy B.T., Trung N.T., Hoan N.X., Wedemeyer H., Velavan T.P., Bock C.T. (2017). Prevalence and genotype distribution of hepatitis delta virus among chronic hepatitis B carriers in Central Vietnam. PLoS One, 12(4), e0175304. doi: 10.1371/journal.pone.0175304.

4. Dziri S., Rodriguez C., Gerber A., Brichler S., Alloui C., Roulot D., Dény P., Pawlotsky J.M., Gordien E., Le Gal F. (2021). Variable in vivo hepatitis D virus (HDV) RNA editing rates according to the HDV genotype. Viruses, 13(8), 1572. doi: 10.3390/v13081572.

5. Sopena S., Godoy C., Tabernero D., Homs M., Gregori J., Riveiro-Barciela M., Ruiz A., Esteban R., Buti M., Rodríguez-Frías F. (2018). Quantitative characterization of hepatitis delta virus genome edition by next-generation sequencing. Virus Research, 243, 52–59. doi: 10.1016/j.virusres.2017.10.003.

6. Wu S., Zhang Y., Tang Y., Yao T., Lv M., Tang Z., Zang G., Yu Y., Chen X. (2020). Molecular epidemiology and clinical characteristics of hepatitis delta virus infected patients with elevated transaminases in Shanghai, China. BMC Infectious Diseases, 20(1), 565. doi: 10.1186/s12879-020-05275-1.

7. Pacin-Ruiz B., Cortese M.F., Tabernero D., Sopena S., Gregori J., García-García S., Casillas R., Najarro A., Aldama U., Palom A., Rando-Segura A., Galán A., Vila M., Riveiro-Barciela M., Quer J., González-Aseguinolaza G., Buti M., Rodríguez-Frías F. (2022). Inspecting the ribozyme region of hepatitis delta virus genotype 1: Conservation and variability. Viruses, 14(2), 215. doi: 10.3390/v14020215.

8. Angelice G.P., Barros T.M., Marques V.A., Villar L.M., Lago B.V., Mello F.C.A. (2024). Exploring genetic diversity of hepatitis delta virus full-length genome in Brazil: Discovery of a novel HDV-8 subgenotype beyond African borders. Infection, Genetics and Evolution, 125, 105671. doi: 10.1016/j.meegid.2024.105671.

9. Charre C., Regue H., Dény P., Josset L., Chemin I., Zoulim F., Scholtes C. (2023). Improved hepatitis delta virus genome characterization by single molecule full-length genome sequencing combined with VIRiONT pipeline. Journal of Medical Virology, 95(3), e28634. doi: 10.1002/jmv.28634.

10. Amarasinghe S.L., Su S., Dong X., Zappia L., Ritchie M.E., Gouil Q. (2020). Opportunities and challenges in long-read sequencing data analysis. Genome Biology, 21(1), 30. doi: 10.1186/s13059-020-1935-5.

11. Le Gal F., Brichler S., Drugan T., Alloui C., Roulot D., Pawlotsky J.M., Dény P., Gordien E. (2017). Genetic diversity and worldwide distribution of the deltavirus genus: A study of 2,152 clinical strains. Hepatology, 66(6), 1826–1841. doi: 10.1002/hep.29574.